（1）中心实行主任负责制。中心主任负责组织制定并实施“中心”发展规划、年度建设计划和经费使用计划；组织审定与执行实验教学计划，安排并检查落实教学任务；组织实验教学改革与实验教材编写；组织制定并实施中心各项管理制度；负责对中心人员考核工作。
（2）中心实行按需设岗、按岗考核、绩效分配。每年对中心人员进行一次全面考核。
（3）实行开放式实验室管理。围绕实验教学和学生创新研究项目，中心人员、财务以及仪器设备由中心主任统一管理与调配，真正达到开放使用，资源共享。
（4）中心成立实验教学督导组。督导组专门负责实验教学示范中心实验情况的检查与督导工作，重点监督和检查实验教学示范中心教学过程和教学计划的落实情况，并开展实验教学质量的评估，提出进一步完善中心相应管理体系的意见或措施。